À medida que você faz personalizações em uma pasta do sistema, o sistema gera automaticamente um arquivo desktop.ini nessa pasta para armazenar as configurações. Um bom recurso para isso é aqui . Embora você possa excluir o arquivo, o Windows provavelmente recriará o arquivo automaticamente com o tempo.
Você provavelmente está vendo dois arquivos desktop.ini porque a área de trabalho é composta por dois locais de pastas. A pasta Desktop do usuário e a pasta Todos os usuários / Área de trabalho pública. Provavelmente existe um arquivo desktop.ini para cada uma dessas pastas. Um é provavelmente armazenado em .\users\some_username\desktop
e o outro em .\users\public\desktop
. É impossível ter dois arquivos com exatamente o mesmo nome de arquivo na mesma pasta.
No Windows 7, você pode selecionar "Mostrar arquivos, pastas e unidades ocultos", mas mantenha marcado "Ocultar arquivos protegidos do sistema operacional (Recomendado)" para manter o desktop.ini e alguns outros itens ocultos.