Eu tenho o mesmo problema. Eu costumava fazer logon em um site com credenciais e agora não consigo fazer logon usando outros. Quando eu faço logoff e tento fazer logon novamente, o Chrome coloca o cabeçalho Authorization automaticamente sem perguntar. O site usa o banco de dados de usuários locais (sem AD, mas o arquivo .htpasswd simples) e usa a autenticação básica.
Já tentou limpar todos os cookies e senhas salvas. Sem sorte. E isso acontece apenas no Chrome e apenas em um PC (em outros PCs no Chrome com minha conta do Google funciona corretamente e pede credenciais após o logon)
Encontrei uma solução alternativa para o problema, pois meu objetivo principal era autenticar como usuário diferente. Eu executei o Fiddler e habilitei pontos de interrupção lá. Então, mediante solicitação com cabeçalho de Autorização, forcei a resposta 401 e, assim, fiz a janela de autenticação aparecer. Então eu forneci as credenciais necessárias e meu problema foi corrigido.
No entanto, não responde à pergunta onde essas credenciais estão armazenadas