Atualmente não há como remover o aviso. No entanto, há uma discussão sobre o assunto no rastreador de problemas do Chromium (projeto de código aberto por trás Chrome).
Em vez disso, você pode forçar o Chrome a perguntar onde salvar o arquivo (Opções do Google Chrome - > Sob o capô) e clicar com o botão direito do mouse em links e escolher "salvar como".