Na caixa de diálogo Preferências do terminal, a guia Aparência tem a opção "Plano de fundo transparente" para tornar a janela transparente. Se você encontrou essa opção e a definiu corretamente, posso pensar em dois motivos pelos quais ela pode não estar funcionando para você:
1) Você pode estar usando o gvim ao invés do console vim dentro do terminal. Se o Vim abrir uma nova janela, você estará usando o gvim ao invés do console vim.
2) Você pode ter um esquema de cores vim que define explicitamente branco ou preto como a cor de fundo. É incomum ter um esquema de cores mal comportado como esse, então não acho que seja provável.
Eu acho que é mais provável que você esteja usando o gvim ao invés do console vim.