Se a última entrada em ordem alfabética deste diretório for um diretório, eles estarão lá.
Suponha que você tenha os arquivos a , b e c e o diretório d . Neste caso,
mv /var/www/vhosts/website/httpdocs/magento/*
expande para
mv /var/www/vhosts/website/httpdocs/magento/a /var/www/vhosts/website/httpdocs/magento/b /var/www/vhosts/website/httpdocs/magento/c /var/www/vhosts/website/httpdocs/magento/d
que é um comando para mover tudo para d . Olhe lá se houver alguma coisa.
Se d não fosse um diretório, mv deveria ter reclamado sobre isso.