Eu usei rsnapshot para um efeito excelente. Você pode tê-lo rsync e manter quantas versões antigas, com base no tempo que você quer / ter espaço para. Eu tenho 6 versões em potencial das coisas de hoje, diariamente por uma semana, 4 semanas e, em seguida, 6 meses no valor. Eu já usei para recuperar vários arquivos que eu pensei que tinha perdido devido a sobrescrever.
O único problema que tive foi que ele não estava rodando devido a execução anterior não ter terminado a tempo, e assim ele deixou o arquivo de lock pendurado. Isso foi em uma máquina remota que fez logins sem senha sobre SSH para arquivos rsync off para backup / archive e eu não entrei com muita frequência no servidor para verificá-lo. Executar um script de logwatch lá (problemas de e-mail dos logs), pelo menos, certifique-se de que vi os problemas para reiniciá-lo, e tem sido livre de problemas desde então. No meu servidor local, não houve problema algum.