Esse problema ocorre com mais freqüência quando os usuários excluem seu perfil de usuário e restauram uma cópia de backup. Esse problema ocorre porque os programas fixados do diretório do usuário anteriormente salvo em backup ainda existem, mas eles não aparecem mais no "novo" menu iniciar após o backup ser definido no local. Sempre que você vê um "(2)" após um atalho, isso significa que é uma cópia duplicada de um atalho já existente, para que você saiba que em algum lugar oculto em seu computador, esse atalho já existe. Você só precisa encontrá-lo e excluí-lo.
Você pode corrigir isso indo para o seguinte diretório (oculto):
C:\Users\[YOURUSERNAME]\AppData\Roaming\Microsoft\Internet Explorer\Quick Launch\User Pinned\StartMenu
Se você não tiver "visualizar pastas ocultas" ativadas, ative-o indo para as opções de pasta.
Uma vez nessa pasta, você verá que tanto o seu "novo" programa fixado com o "(2)", assim como o seu "antigo" programa fixado (sem o (2) nele) estão nessa pasta. Exclua tudo nessa pasta, desmarque todos os programas que você já tenha fixado em seu menu Iniciar que tenham (2) neles e, em seguida, coloque-os novamente. Agora você deve ter os programas fixados sem nenhum número errôneo anexado a eles.