Como Tony apontou, a questão é relacionada ao PPC. O XCode 4 removeu o assembler do PPC. As ferramentas de configuração tentam instalar para todas as arquiteturas, por padrão, i386, ppc e x86_64.
Eu adicionei este código ao meu pyckpto-2.3 setup.py na linha 122 e seguintes. Isso pesquisa as opções do compilador para 'ppc' e as remove e a instrução predecessora '-arch' '.
# removing PPC flag from compiler options
index = self.compiler.compiler_so.index('ppc')
del self.compiler.compiler_so[index]
del self.compiler.compiler_so[index-1]
Executando o usual python setup.py instalado no arquivo modificado instalado pycrypto sem nenhum problema.
Esta é uma solução terrível, mas deve funcionar por enquanto, até que o setuptools possa detectar melhor que o 10.6 com o XCode 4 não tem mais o PPC como uma arquitetura de destino aplicável.
Sugestões para corrigir este problema são aceitas.