Eu encontrei uma solução bastante simples. (Isso se for para pessoas que estão instalando via USB)
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Entre na sua BIOS e defina o HDD que você deseja instalar como o primeiro dispositivo de inicialização. Salve e reinicie.
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Acesse manualmente seu gerenciador de inicialização quando o bios for iniciado. A partir daqui, selecione o seu USB para inicializar.
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Continue normalmente com a instalação.
Parece que o gerenciador de partições na instalação do Windows fica confuso quando detecta um USB com maior prioridade de inicialização do que o HDD no qual você está instalando. Acha que o USB é a partição do sistema. Ao configurar o HDD para o primeiro dispositivo de inicialização, ele não mais analisa o USB como um dispositivo de inicialização.
Isso também explica por que a chave USB remove ao criar as partições. Ao remover o USB, ele não o vê mais e, portanto, pula para o próximo dispositivo inicializável para procurar a partição do sistema Windows. Quando ele não encontrar um, ele será agora criado para criá-lo por conta própria.
Espero que isso ajude alguns de vocês. Demorou algumas horas de sono fora do meu.