Sim, você pode usar o scp, que basicamente compila o ssh. Ele pode funcionar de qualquer maneira também, então:
scp ~/Document/Localfile remoteuser@remotemachine:~/Desktop
ou
scp remoteuser@remotemachine:~/Destkop/remotefile ~/Desktop
O primeiro comando copiava um arquivo para a máquina remota, o segundo copiava um arquivo do remoto para o local. A sintaxe é <user>@<machine or ip>:<file>
, você pode fazer um man scp
para mais opções e opções