Suponho que você inicie seu contêiner do Docker com algo como
docker run -t -i ubuntu:16.04 /bin/bash
O problema agora é que o seu PID 1 do processo de inicialização é /bin/bash
, não systemd.
Confirme com ps aux
.
Além de que você está perdendo dbus com seria o caminho para se comunicar. É aqui que sua mensagem de erro está vindo. Mas como o seu PID 1 não é systemd, não ajudará a instalar o dbus.
Melhor seria repensar a maneira como você planeja usar a janela de encaixe. Não confie no systemd como um gerenciador de processos, mas tenha o contêiner do docker executando o aplicativo desejado em primeiro plano.