O Konsole pode copiar com ctrl + shift + c e colar com ctrl + shift + v . Meu menu de contexto do botão direito do mouse no Konsole 2.7.4, KDE 4.7.4, Kubuntu 11.10, me diz estes atalhos de teclado.
Edit: Na verdade, existe um buffer secundário. O texto selecionado é automaticamente adicionado a esse buffer, e o clique do meio cola-o automaticamente. ctrl + shift + insert também colará deste buffer. Isso pode ser alterado em Settings > Configure Shortcuts > %código%. Paste Selection é o padrão para uma alternativa para a cópia normal, e ctrl + insert é padronizado para uma alternativa para a colagem normal.