Você pode usar o comando VBoxManage.
Você pode ver detalhes aqui .
Exemplo:
"c:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe" modifyhd "C:\Users\busey\VirtualBox VMs\ubuntu10.10\ubuntu10.10.vdi" --resize 20480
Após redimensionar o disco rígido, você terá que redimensionar a (s) partição (ões).
Para a partição ext3, você pode seguir estas etapas .