Eu encontrei uma solução:
- Usando aspas simples em vez de aspas duplas
- Escape o e comercial
&
para\&
- Não escapa do ponto de exclamação
!
então isso funciona:
docker run -i -t --rm \
-e 'LDAP_FILTER=(\&(objectCategory=person)(objectClass=user)' \
-e 'LDAP_PASS=Secret!Password' \
user-prefix/container-name