Como @Daniel Andersson já comentou, isso pode ser feito facilmente com pdftk
:
pdftk input.pdf cat end-1 output temp.pdf
pdftk temp.pdf cat end-2 output output.pdf
rm temp.pdf
Eu não sei se isso pode ser feito com uma chamada para pdftk embora ...
Editar : você pode combiná-lo com a resposta do thanosk e usar (no bash):
pdftk input.pdf cat 1-$((last-1)) output output.pdf
quando você já extraiu a última página para a variável $last
.