Pode ter sido corrigido desde que a pergunta foi feita, mas a execução
transmission-remote -l -t 13 -i | grep magnet
funcionou para mim, tenho o link magnético para a torrente número 13.
Se você quiser apenas o link, pode sed
eliminar o título:
transmission-remote -l -t 13 -i | grep magnet | sed -e "s/^ *Magnet: //"
Pode ser necessário adicionar um parâmetro --auth <username>:<password>
para autenticação.