É triste que, do lado do Windows, o Excel tenha se tornado, de alguma forma, o editor de arquivos CSV, mesmo que ele faça um trabalho secundário. Eu tive a mesma experiência que você, enquanto eu mesclava duas planilhas de contatos e as importava para o Google.
O problema que você está tendo é que, uma vez que os arquivos CSV não contêm metadados de formatação, o Excel carrega o arquivo de texto com todos os formatos padrão. Se detectar data na carga, adivinhe? Se detectar zeros à esquerda, adivinha o que?
Eu desisti do Excel. E você também deveria!
O acesso é uma ferramenta muito melhor. Por um lado, o Access, por padrão, importa todos os dados como texto. Não faz qualquer formatação de truque a menos que você diga. Dois, na verdade formata CSVs corretamente, permitindo que você coloque todos os campos entre aspas. Tudo isso deixa espaços principais intocados. Espalhe a palavra.
Salva vidas !! Espalhe a palavra!! Não use o Excel para CSVs !!! Use o Access !!