Esses arquivos e diretórios são criados por vários aplicativos:
.DS_Store - Criado pelo Finder quando você abre um diretório. Ele armazena informações sobre a pasta (opções de visualização, posições de ícones, etc.).
.fseventsd - criado pelo daemon fseventsd. Ele contém dados sobre eventos do sistema de arquivos, como modificações, exclusão, criação, etc.
.Spotlight-V100 - armazena informações de indexação para holofotes na forma de metadados.
.Trashes - Uma pasta contendo arquivos que foram enviados para o lixo, mas que ainda não foram excluídos do volume.
Para evitar que todos sejam criados, você precisa modificar o comportamento de cada aplicativo individualmente. Isso incluiria adicionar uma exceção ao Spotlight, desativando o recurso de armazenamento em cache do Finder (se possível), alterando o daemon fseventsd e assim por diante. Não tenho certeza se é possível adicionar exclusões ou desativar todos esses recursos. Se você não precisa gravar no disco, basta montá-lo como somente leitura para facilitar as coisas.