Eu encontrei uma terceira solução relacionada e é o que eu uso agora.
Eu uso o Atlassian SourceTree e sua implementação do Git Flow. Ao terminar os hotfixes ou lançamentos, eu realmente não quero que o NetBeans sincronize automaticamente. Eu criei uma segunda configuração que eu rotulo "No Sync" para essa finalidade.
Basta mudar para essa configuração e voltar para <default>
e reativar a sincronização.