Acontece que há uma opção avançada para isso. Arquivo > Opções > Avançado > Insira impressões longas em várias páginas.
Eu notei com os PDFs mais longos, depois de enviar para o OneNote com o Print e selecionar uma página para inserir, o OneNote acaba dividindo meu documento em sua própria página e subpáginas (1 para cada página). Eu quero o documento inteiro na página que eu seleciono em vez de dividi-lo assim. Ele insere tudo em uma página quando meu pdf tem 4 páginas, mas divide quando eu tenho 6 páginas, então estou assumindo que o ponto de corte é de 5 páginas ou algo assim. Como posso desativar esse comportamento?
Editar: Esqueci de mencionar isso no OneNote 2013, caso o comportamento seja diferente nas versões.