As distribuições (como o Ubuntu) fazem o controle de qualidade em seus pacotes e, portanto, nem sempre terão a versão mais recente de tudo disponível em seus repositórios assim que forem lançadas. A ênfase está na estabilidade.
Se você realmente precisa de uma versão mais recente por algum motivo, você pode usar o próprio gerenciamento de pacotes do Python (setuptools, caso precise instalá-lo), assim:
python easy_install numpy
Isso instalará a versão mais recente disponível no PyPI .
Eu recomendaria remover primeiro o pacote instalado pela distribuição, pois eles provavelmente não funcionam bem juntos no caso de caminhos conflitantes.