A instalação completa do MikTeX inclui vários pacotes adicionais, a maioria dos quais você nunca utilizará, além de cargas de fontes para muitos alfabetos diferentes. Em vez de instalar tudo, é melhor fazer uma instalação mínima e permitir que o MikTeX instale pacotes e fontes requeridos na hora (supondo que você tenha uma conexão com a Internet quando estiver usando-o).
A versão portátil do MikTeX ( link ) tem pouco menos de 100Mb, o que não é tão ruim.