Bem, parece que finalmente consegui consertá-lo sem perder todas as minhas configurações / dados. Mas eu te aviso, não é bonito e envolveu temporariamente jailbreak meu telefone.
Primeiro eu desbloqueio meu telefone, usei o aplicativo blackra1n, mas qualquer técnica de jailbreak funcionaria igualmente bem.Então eu usei o cydia para instalar o pacote OpenSSH (novamente qualquer pacote jailbrake instalado faria).
Então eu ssh'd no telefone (username = root, password = alpine).
Eu gravei em / private / var / mobile / library / safeharbor e peguei uma cópia da listagem do diretório, então eu tinha uma nota de quais aplicativos eu tinha instalado. Este diretório é onde todos os dados dos aplicativos são armazenados.
Em seguida, excluí o arquivo /var/mobile/Library/Caches/com.apple.mobile.installation.plist, esse é o arquivo que mantém os detalhes de quais aplicativos são instalados. Eu reiniciei o telefone.
Neste ponto, os únicos aplicativos exibidos como instalados eram os aplicativos fornecidos pela Apple, o cydia e o blackra1n.
Eu então fiz backup do telefone. Depois, restaurei o firmware atual e deixei o iTunes restaurar o backup que acabei de fazer.
Então, agora eu tenho um telefone limpo, sem aplicativos instalados, mas, ainda mais importante, ainda tenho as configurações e os dados dos aplicativos que eu instalei. Eu comecei a reinstalar meus aplicativos e eles estão pegando corretamente seus dados e configurações que ainda estão lá no diretório safeharbor.
Verifiquei que a sincronização de aplicativos funciona e estou apenas mantendo meus dedos cruzados para que continue assim.
O truque importante aqui foi excluir o arquivo com.apple.mobile.installation.plist, porque o iTunes não sabe que havia aplicativos instalados e, portanto, não inicia a exclusão dos dados / configurações quando sincroniza.