Veja www.truecrypt.org/faq pesquise a pergunta 'Quando eu conecto minha unidade flash USB criptografada, o Windows pergunta se eu quero formatá-lo. Existe uma maneira de evitar isso?
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Ok. Citando truecrypt faq:
Quando eu conecto minha unidade flash USB criptografada, o Windows me pergunta se eu quero formatá-lo. Existe uma maneira de evitar isso?
Sim, mas você precisará remover a letra da unidade atribuída ao dispositivo. Para obter informações sobre como fazer isso, consulte a pergunta "Eu criptografei uma partição sem sistema, mas a letra da unidade original ainda está visível na lista 'Meu computador'".
para liberar a letra da unidade, siga estas etapas:
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Clique com o botão direito do mouse no ícone 'Computador' (ou 'Meu computador') na área de trabalho ou no menu Iniciar e selecione Gerenciar. A janela 'Computer Management' deve aparecer.
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Na lista à esquerda, selecione 'Gerenciamento de disco' (dentro da subárvore Armazenamento).
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Clique com o botão direito do mouse na partição / dispositivo criptografado e selecione Alterar letra e caminhos de unidade.
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Clique em Remover.
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Se o Windows solicitar que você confirme a ação, clique em Sim.
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Estou no laptop linux agora, então não posso experimentar sozinho, mas talvez a desativação da Autoplay possa ajudar.