O X11 tem várias pranchetas: Selecionar texto com o mouse preenche a "Seleção Primária" e clicar no botão do meio o insere. Para Ctrl-V / Ctrl-C, a maioria dos programas usa o "Clipboard", Shift-Ins parece às vezes usar a seleção principal, às vezes a área de transferência.
Portanto, é mais fácil não usar o Shift-Ins, mas sim o Mouse ou o Ctrl-V / Ctrl-C para copiar texto entre diferentes aplicativos.