Eu sei que essa é uma pergunta antiga, mas eu tive o mesmo problema e acabei criando uma semi-solução:
-primeiro, arquivar o chat em grupo em questão
- quando novas mensagens aparecem para o grupo, não leia as mensagens, apenas arquive o bate-papo novamente (pressionando e segurando a conversa, não toque nela, pressione e segure e escolha "arquivar" quando essa opção aparecer)
Dessa forma, pelo menos você não precisa ler as novas mensagens para fazer a notificação desaparecer e deixar o grupo fora de vista. Para outros membros do grupo parece que você não leu as mensagens (pelo menos para o meu melhor entendimento. Quando eu fiz isso e verifiquei o chat em grupo arquivado, isso mostra para mim que eu não li as novas mensagens).