Veja o link - é basicamente uma solução de caixa de depósito de código aberto.
Não sei qual NAS você tem, mas a maioria das caixas NAS são executadas no linux e você deve ser capaz de obter algumas direções nos fóruns do owncloud.
Caso contrário, acho que o Unison ou o rsync seriam as melhores soluções não-servidor no seu caso.
Isto liga-se a uma publicação no blog descrevendo o mesmo problema (e uma solução aceitável), mas para o Ubuntu. link