Se você já está inscrito em centenas de listas de discussão, provavelmente já é tarde demais, mas o bom senso a fazer seria usar diferentes contas de e-mail. Você pode até ter um endereço de e-mail redirecionado para o outro, onde ele é classificado automaticamente. O Gmail permite que você use aliases com a mesma conta de e-mail.
Outra coisa que você pode fazer é usar RSS Feeds, quando estiverem disponíveis. Eu uso o Outlook, que inclui um leitor de RSS.