Isso ocorre porque o gerenciador de tarefas arredonda ou arredonda os valores de uso da CPU por processo. Você pode ver um monte de processo usando o tempo de CPU "0", isso é falso, eles usam "0, xxxxxxx" cpu time.
O que você precisa é de um gerente de processo que mostre um valor mais preciso para você.
Algum processo também pode estar oculto (PID negativo, rodando como outro usuário) ou algum pedaço de hardware pode ter acesso direto à CPU passando seu sistema operacional (mas provavelmente não)