Isso é específico para o shell do Windows e aplica somente aos arquivos .htm e .html. Se você tivesse movido o arquivo de um prompt de comando, a pasta associada permaneceria no lugar. No Windows XP, esse comportamento é controlável por meio de ferramentas - > Opções de pasta em uma janela do Explorer (ou no ícone Opções de pasta no Painel de controle). Na guia Exibir, em Configurações avançadas, há um grupo de opções chamado "Gerenciando pares de páginas e pastas da Web".
A opção GUI para alterar esse comportamento parece ter desaparecido do Windows 7; Não tenho certeza sobre o Vista.
O recurso pode ser gerenciado por meio do registro. A chave HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer , valor DWORD NoFileFolderConnection . Desative o recurso definindo o valor como 1. Reative o recurso, definindo o valor novamente como 0 ou excluindo o valor completamente.
O recurso em si é chamado de Connected Files , e uma referência está disponível em esta página do MSDN .
Para estender esse recurso além de apenas páginas HTML e suas pastas associadas, você precisa implementar tudo sozinho. SHFileOperation já tem suporte especial para arquivos conectados, mas parece não haver nenhum meio de que estendê-lo.
Como o recurso é dependente do shell, ele teria que ser recriado nos gerenciadores de arquivos no Linux.