Como não consegui fazer o wput
funcionar, procurei uma alternativa e encontrei: ncftp .
Mais especificamente, o ncftpput parecia fazer quase o que o wput foi projetado para fazer. O mais importante para mim, não caiu como wput. E, de fato, ele consegue carregar somente os arquivos que não foram alterados usando a opção -z :
ncftpput -z -u user -p pass ftp.mydomain.com dir/name files-to-upload...