A resposta curta é que você não pode sincronizar legitimamente iPhones no Linux.
O Ubuntu tem uma página wiki sobre como sincronizar o iPhone / iPod Touch aqui . Se o iPhone tiver firmware 3.0 ou superior, não há como sincronizar fora do iTunes . As sugestões no site são: virtualizar o Windows ou jailbreak do iPhone (consulte as instruções para firmware V1 e firmware V2 ). Com alguns hacks, você pode sincronizar músicas em um firmware antigo.
Editar: houve algum progresso no iPhone OS 3.0 com usbmuxd (percebo que o wiki linkado acima também foi atualizado para refletir isso). Não tenho certeza se esse método exige um iPhone com jailbreak.