Basta copiar o arquivo .config do diretório de origem. Este arquivo contém sua configuração atual.
Além disso, ao atualizar as fontes, você pode fazer make oldconfig para preservar as alterações antigas e apenas decidir o que fazer com as novas coisas, ele apenas perguntará sobre as novas opções de configuração (atualiza a configuração atual). Você ainda precisa mover seu antigo arquivo .config antes de poder usar isso.