Adicione o seguinte no final de .bash_profile :
printf '3c'
Isso irá realmente limpar o Terminal. Eu até defini a seguinte função, já que não gostei do comportamento de rolagem do padrão clear :
function clear {
printf '3c'
}
Eu acho que é o mesmo que um hard reset do Terminal ( Cmd-Opt-R ), mas não tenho certeza.