A maneira mais fácil é provavelmente apenas renomear as pastas dropbox:
killall dropbox
mv ~/Dropbox ~/Dropbox-user1
mv ~/.dropbox ~/.dropbox-user1
Em seguida, reinicie a caixa de depósito e configure a nova conta.
Depois, você pode ter um pequeno script que alterna entre os dois, parando, renomeando e iniciando o dropbox.