Muitas maneiras de fazer isso. Uma solução simples seria simplesmente usar o Agendador de Tarefas para executar um script em lote como este às 3 da manhã todos os dias:
taskkill /f /im programname.exe
salve como algo como closeprograms.bat e substitua programname.exe pelo nome do executável que você deseja matar. Configure o Agendador de Tarefas para executar esse arquivo em lotes sempre que quiser.