Fora do topo da minha cabeça, existem estas desvantagens:
- Não há DirectX para som e gráficos (embora você provavelmente possa instalá-lo manualmente)
- Nenhum driver BDA para cartões de TV
- Menos drivers instaláveis em geral
- Sem Bluetooth
- Sem suporte a IrDA (não é muito usado atualmente)
- Alguns softwares de área de trabalho se recusarão a instalar, devido a problemas de licenciamento em um servidor de terminal (eu conheço vários programas CAD e 3D que fazem isso e acho que o Photoshop também, IIRC)
- Alguns softwares se recusam a instalar, pois há versões especiais de servidor que custam muito mais, mas são idênticas (por exemplo, coisas da Acronis)
- Programas antivírus para sistemas operacionais de servidor também são muito mais caros e as versões de desktop se recusam a instalar. (Há algumas exceções, como o essencial de segurança da Microsoft)