O FFmpeg pode fazer isso. Aqui é uma lista de comandos que podem ser úteis para você. Vá para aqui para instruções.
Exemplo:
ffmpeg -i INPUT.mp4 -c copy -map 0:a:0 Output.aac
-
-i: arquivo de entrada -
-c copy: copia os fluxos de bits sem recodificar -
-map 0:a:0: seleciona a faixa de: 1º arquivo de entrada - > faixas de áudio - > primeira faixa (primeira faixa de áudio do primeiro arquivo de entrada)
Observe que ele funcionaria de forma semelhante com avconv , que é uma bifurcação de ffmpeg .