Se você acessar as ferramentas - > Opções da Internet, guia Avançado e vá até o final, você encontrará uma opção para "Avisar sobre incompatibilidade de endereço de certificado", que pode ser desabilitada; a alteração entrará em vigor após a reinicialização do IE e deve impedir que o navegador se queixe do certificado.
Infelizmente, isso também impedirá o navegador de reclamar sobre incompatibilidades de endereço em todos os outros sites visitados. Isso é menos que ideal, mas é o tipo de troca que você pode fazer quando usa o IE.
É claro que a instalação de um certificado com o endereço correto (ou, se for um subdomínio que você está visitando e o certificado emitido para um domínio de nível superior, um certificado curinga) será o direito responder, mas se você não pode fazer isso, isso irá, pelo menos, suprimir o aviso.