Você precisará usar algo como suPHP para conseguir isso. Além de executar cada execução php do VirtualHost como um usuário diferente - ele permite que você tenha vários arquivos php.ini para VirtualHosts e Diretórios (Com base em .htaccess
suPHP_Config
flag)
Você pode instalar o suPHP via aptitude: sudo apt-get install suphp-common libapache2-mod-suphp
Uma das principais diferenças é que agora você pode configurar o php para ser executado como usuário - em vez de ter todos os scripts php executáveis pelo www-data
user - isso por si só fornece muito de conveniência e segurança ao hospedar vários usuários em um servidor, pois reduz as necessidades de permissões 777 e 666 (na verdade, você nunca deve precisar usar 777 ou 666 novamente - 755/644 deve sempre ser suficiente)
Um exemplo de host virtual:
<VirtualHost *:80>
...
DocumentRoot /home/marco/www/
suPHP_UserGroup marco marco
suPHP_Config /home/marco/etc/php.ini
...
</VirtualHost>
Você também pode definir a diretiva suPHP_Config em .htaccess
arquivos - desde que você tenha o AllowOverride
configurado corretamente.