O Pulse Audio GUI não consegue gerenciar entradas e saídas físicas. Então você deve tentar com alsamixer e um de seus GUI (ex: gnome-alsamixer). Dessa forma, você pode gerenciar o i / o físico de sua placa de som.
sudo apt-get install alsamixer gnome-alsamixer
Usando o alsamixer (no terminal), vá para a entrada (F4) e diminua o nível de volume do PCM para 0
Nota: para parar de ouvir seu próprio microfone no fone de ouvido / alto-falante, reduza o nível do microfone para 0 na saída (F3)