ffmpeg -i in.mp3 -c:a aac -strict 2 out.aac
ou simplesmente
ffmpeg -i in.mp3 out.aac
Onde posso baixar o ffmpeg com o libfaac (para Windows)?
ffmpeg -i in.mp3 -c:a aac -strict 2 out.aac
ou simplesmente
ffmpeg -i in.mp3 out.aac
parece que você tem que compilar seu próprio, as distribuições binárias "oficiais" provavelmente não o têm por causa de "colisões de licenciamento" (normalmente x264 é GPL e a licença do libfaac não é GPL amigável mas você pode construir você mesmo ).
para que você possa construí-lo com ele: link link
ou use um sherpya ffmpeg e tenha o .dll em seu caminho: link
Veja também Comando FFmpeg para converter MP3 para AAC onde menciona que agora você pode usar -acodec libvo_aacenc por padrão.