Aqui está um pouco de hack que pode fazer isso. Acredito que essas configurações estão configuradas por usuário, por isso acredito que você poderia:
- crie um novo usuário
- faça login como esse usuário
- configure as configurações necessárias para o aplicativo
- efetue logout e volte como usuário normal
- execute o programa como o usuário recém-criado (você pode fazer isso mantendo o turno, em seguida, clicando com o botão direito no exe e escolhendo "executar como")