Isso realmente depende do que você está acessando. É precisamente por isso que copiar milhares de arquivos entre locais é lento (dê uma olhada aqui ).
Assim, se você estiver realmente executando operações em que precisa acessar arquivos espalhados pelo disco rígido, obterá muito mais utilização mesmo quando a velocidade de transferência for realmente muito baixa e em outras situações em que você tiver dados contíguos , você terá uma utilização muito menor de E / S, mesmo com velocidades mais altas. Assim, é tudo sobre as operações que você está realizando.
Outra razão, como já foi mencionado, é que o disco pode estar muito fragmentado e, assim, para acessar qualquer arquivo, o disco terá que girar muito mais para acessar os mesmos dados. Assim, minha sugestão seria desfragmentar o disco completamente.
Se isso não funcionar, tente uma reinstalação do sistema operacional, pois também pode ser um malware.
A razão final, mais uma vez, como mencionado antes, pode ser uma falha na unidade, caso em que você não pode realmente fazer muito. Tente verificar se há setores defeituosos e tal.