Eu usaria o exFAT, ele teria um desempenho um pouco melhor que os outros e também permitiria que você usasse mais de 4 GB de espaço para o ReadyBoost.
Para o tamanho da unidade de alocação, acredito que 4 kB funcionará melhor, mas posso estar errado. Esse é o tamanho dos chunks que o ReadyBoost usa e lhe dará o melhor desempenho para o ReadyBoost.