O computador provavelmente não inicializaria. Pode encurtar.
Veja, um slot PCI x4 não é quatro tão grande quanto um slot x1.
Todos os conectores PCI-e possuem um layout compartilhado: Os primeiros 18 pares de conectores são para fonte de alimentação, comunicações SMB e JTAG, sincronização de clock, etc. Somente depois vêm os pares de dados. Isso significa que há apenas uma maneira de conectá-los corretamente.
Qualquer segunda placa no mesmo slot, na melhor das hipóteses, conectaria (e não seria possível usar) os pares de dados restantes. Isso é na melhor das hipóteses. Na pior das hipóteses, você conectará seus pinos de maneira inesperada, por exemplo, conectando as possíveis linhas de energia +12 conectadas a caminhos de sinais diferenciais. Isso causará um curto.
Para mais detalhes sobre a sua pinagem, consulte Wikipedia: PCI Express .
Observe que existem pontes PCI-e. Você poderia colocar uma placa bridge x8 em um slot x8 (ou maior) e (via hardware ativo naquela placa) apresentar dois slots x4, cada um com seu próprio conector.