O programa de música Sibelius é bom nesse tipo de coisa. Eles têm um pacote chamado PhotoScore Lite que permite digitalizar partituras e transformá-las em MIDI composição que você pode tocar no editor de música Sibelius.
Você pode encontrá-lo nas principais lojas de música. A curva de aprendizado pode ser um pouco íngreme. Eu recomendo perguntar a pessoa na loja de música se eles podem fornecer um breve tutorial sobre como fazer o que você quer fazer (acho que eles são geralmente muito amigável). Eles também podem saber de um programa mais simples que pode fazer o que você está procurando. Observe também que, em geral, os programas de escaneamento de música tendem a ser caros por causa de sua especialização (Sibelius estava, no momento em que escrevia, por volta de ~ 300USD).