Você pode até mesmo usar o BitLocker para criptografar a unidade em que você faz o backup e acessar essa unidade a partir do seu computador, para que o Histórico de arquivos faça o trabalho regularmente.
O histórico de arquivos no Windows 8 é excelente, mas salva meus arquivos em uma unidade externa sem qualquer criptografia e os armazena usando a mesma estrutura de pastas que os originais.
Se um bandido colocar as mãos no disco rígido, basicamente não seria mais fácil acessar meus arquivos importantes.
Existe alguma maneira de criptografar o backup do histórico de arquivos sem quebrar sua funcionalidade e sem precisar criptografar o conteúdo original em si?
Se o disco externo ao qual você está fazendo o backup for NTFS, você poderá usar o EFS, clicando com o botão direito do mouse em como propriedades de escolha de arquivo e, em seguida, em avançado e configurando-o como criptografado. O Fat32 e outros formatos não suportam o EFS, mas você pode usar algo como Truecrypt.
Você pode fazer backup de seus dados em um arquivo de disco rígido virtual (VHD) com BitLocker e armazene esse arquivo em qualquer lugar, incluindo serviços hospedados e uma unidade de rede local. É muito ineficiente e será lento, mas você receberá um backup criptografado usando o Histórico de arquivos, que pode ser armazenado em qualquer lugar e até mesmo copiado para vários locais.
O Windows 10 pode ver algumas melhorias de desempenho aqui no Windows 8, já que os VHDs devem ser mais rápidos em 10 que 8.