De acordo com winehq.org
- O 32 bit Wine é executado em instalações Linux / Unix de 32 e 64 bits. Aplicativos do Windows de 16 bits e 32 bits serão executados nele.
- O Wine de 64 bits é executado somente em instalações de 64 bits e, até agora, foi testado extensivamente no Linux. Ele requer a instalação de bibliotecas de 32 bits para executar aplicativos Windows de 32 bits. Ambos os aplicativos de 32 bits e 64 bits do Windows (devem) funcionar com ele; "no entanto, ainda há muitos bugs .
Use o que funciona para você. Se seus aplicativos trabalharem, considere-se com sorte e use um deles. Não há certo ou errado, apenas o que funciona para você.
Fontes:
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