Vá para o Editor de configuração e digite trash_folder . Espero que um dos itens listados seja mail.server.server#.trash_folder_name . Se o valor for INBOX/Trash , altere para Trash . Saia do Thunderbird e reinicie-o. Se a pasta Trash agora tem um ícone de lixeira, então funcionou e você deve ser capaz de apagar as pastas INBOX e INBOX.Trash .
Encontrei os detalhes relevantes no link , mas usei o editor de configuração em vez de editar prefs.js diretamente.